S'il existe bien un soucis chez tous les annuaires, c'est la façon de classer les sites dans chacune de leurs catégories. En effet, au bout de quelque temps, l'afflux d'inscriptions oblige le webmaster à proposer plusieurs pages pour ses catégories les plus chargées et là, vient la réflexion sur la façon d'agencer les sites de sa base de données. Plusieurs méthodes existent sans pour autant être réellement pertinentes.